1.性质不同
一般贸易进口属于进口贸易，大部分是企业之间的商业活动。因此，它需要进出口合同、发票等基本的商业单据，以及提单等一系列装运单据。跨境电商一般面对的是直接的消费者，但对于普通消费者来说，完成进口商品的通关是一件非常耗时耗力的事情。同时，对于海关来说，也占用了大量的行政资源。跨境电商的初衷是国家想对跨境电商进行有效监管，消除“海淘”“海代”对进口市场的影响，进行规范引导。
2.不同的税制
首先介绍一个关键词“税制”。与大多数国家不同，我国在进出口过程中不实行单一税制。对于进口货物，按不同性质征收：货物税和货物税。货物税是对一般进出口贸易产生的进出境货物征收的税。其征收标准为0.755-7.9万，包括确定税号、完税价格、规范性文件等一系列行为。征收的税收包括关税、增值税和消费税。双重征税等等。关税是指对个人行李和邮递物品征收的税(第46，《税则》条)。在征收标准上，是《海关法》。分为商品类别，确定几个税级。征收的税是进口物品税(行邮税)。
跨境电商常用的“保税备货”这个词比较复杂。标准说法是“保税进口、邮政寄递”。简单来说，货物免税进入保税区，出区时征收行邮税。关于进口商品和货物的税，不能一概而论哪个高哪个低，但一般来说，货物税可能会低一些。
3.同样的监督方式
新政提出在跨境电商邻域实施一般贸易监管模式，引发跨境电商行业强震，可能成为压垮综试区跨境电商“正规军”的最后一根稻草。一般贸易进口监管更严，手续更严，更繁琐，耗时更长。
关于一般贸易检验检疫的复杂程度，以食品为例：原产地证明、卫生证书、食品成分分析表、进口许可证、企业首次进口食品的进口报关单、出入境食品包装记录、安全评估材料等10余种单证。应附在通关单上。还需要办理境外生产企业注册、境外出口商备案等前置审批。不仅手续复杂，而且办理时间长，达不到前置审批条件的货物不予进口。
4.链接不同
在外贸电商时代，进出口环节并没有缩短或改变，而跨境电商则要求尽量减少或缩短各种环节，最大限度降低中间成本。
5.交易方式不同
在外贸电商时代，所有交易都在网上完成，而大多数跨境电商直接在网上完成交易。
6.不及物动词不同的税
电商体现的是传统的一般贸易，涉及复杂的关税、增值税、消费税，而跨境电商面临的税种一般要简单很多，比如很多只涉及行邮税。
7.不同的商业模式
电子商务的基本模式是B2B，而跨境电子商务的主流模式是B2C。
显然，跨境电商不等于外贸电商。跨境电商体现了一种与传统外贸电商截然不同的新型运营模式。但是，广义的跨境电商还包括外贸电商。